乳酸菌通过发酵产生的有机酸、特殊酶系、酸菌素等物质具有特殊生理功能，可刺激组织发育，对机体的营养状态、生理功能、免疫反应和应激反应等产生作用。

在水产养殖中的应用：

   1、乳酸菌降解碳水化合物生成乳酸来降低动物肠道内的PH值，从而抑制肠道不耐酸的厌氧病原菌生长和繁殖，并加强对动物抗病能力。

  2、乳酸菌在生物体内正常发挥代谢活性，就能直接为宿主提供可利用的必须氨基酸和各种维生素（B族维生素和K族维生素），还可提高矿物元素的生物活性，进而达到为宿主提供必需营养物质、增强动物的营养代谢、直接促进其生长的作用。

  3、乳酸菌代谢产物乳酸及其他有机酸等，能够有助于钙、铁、维生素的吸收。在一定条件下其代谢物乳酸形成乳酸钙，促进水产动物尤其是甲壳类动物幼体的变态的变态和蜕壳生长。

  4、乳酸菌生长合成的B族维生素和短链脂肪酸能中和动物体内有毒物质的毒性，特别可以缓解生物体内弧菌死亡释放的毒性，保护肝脏并增强肝脏的解毒功能。

  5、乳酸菌分解蛋白质，但不产生腐败产物，更易被养殖生物肠道吸收。其代谢产物中的酸性物质、乳酸菌素、过氧化氢和CO2等能抑制病原菌的生长，故乳酸菌被称为绿色环保、无副作用的'光谱抗菌药'。可以有效抑制沙蚕弧菌、哈维氏弧菌、溶藻弧菌、副溶血弧菌等多种致病性弧菌引起的对虾疾病。

  6、乳酸菌可以产生大量的乳酸菌素，对大部分的细菌都有一定的抑制作用，而蓝藻作为原核生物，乳酸菌也对其产生一定的抑制作用。乳酸菌对富营养化水体中的铜绿微囊藻、水华鱼腥藻、念珠藻等蓝藻产生的微囊藻毒素具有生物清除作用。

  7、乳酸菌在有氧或无氧条件都可以分解水中残饵产生的有机物质，从而形成有利于有益菌繁殖生长的适宜环境，改善生物体内的微生物种群。乳酸能降低及稳定水体酸碱度、维持水体的酸碱平衡。当藻类快速生长时，乳酸菌能激发食藻生物的繁殖，达到分解老化藻类和抑制藻类生长的效果，维持菌相和藻相平衡，达到净化水质的目的。